区别一：磷脂组成不同
大豆卵磷脂的一般组成是：磷脂酰胆碱PC(卵磷脂)25-32%、磷脂酰乙醇胺PE(脑磷脂)15-22%、磷脂酰肌醇PI(肌醇磷脂)15%左右、磷脂酰甘油PG(神经鞘磷脂)16%左右、磷脂酸PA4%左右、其他磷脂8%左右。蛋黄卵磷脂的一般组成是：磷脂酰胆碱高达70%，磷脂酰肌醇只有0.6%。不含：磷脂酸、磷脂酰丝氨酸、N-酰基磷脂酰乙醇胺，磷脂酰甘油。
区别二：脂肪酸组成不同
蛋黄磷脂和大豆磷脂配位的脂肪酸不同：在蛋黄磷脂中R1几乎是饱和脂肪酸，R2通常是不饱和脂肪酸，而大豆卵磷脂R1和R2是饱和酸和不饱和酸混合配位。蛋黄磷脂的脂肪酸组分大多为棕榈酸、油酸，其次为硬脂酸、亚油酸，并且还含有微量花生四烯酸和二十二碳六烯酸等近年来备受关注的多不饱和脂肪酸及奇数碳脂肪酸(如十七烷酸)等;大豆磷脂中亚油酸约占50%，几乎不含C20以上的脂肪酸。
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