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利来自用识别特定蛋白的抗体，捕获与此蛋白相互作用的核酸。特定蛋白多半是能够与核酸结合的，转录因子，调控原件等等，而抗体可以是识别不同修饰的蛋白，例360问答如乙酰化什么的，用于转录调控，表观遗传学研究等等 抗体挂到固相支持物上（磁珠或琼脂糖），制备亲和纯化柱对细胞进行甲醛交联，固定蛋白与核酸的结合物将蛋白核酸复合物抽提出来，再将染色质片段通过超声或伯帝王酶解，打断成小片段将此小片段加到制好的亲和纯化柱上孵育将未结合物质洗去将目标蛋白核酸复合物洗脱收集蛋白酶K加热解交联纯化核酸根据需要进行q沉执请轮含单写亲苦PCR或者是测序，芯片等
