自体干细胞移植已经是较为成熟的治疗方式，绝大多数移植中心植人成功率接近100%,移植相关死亡率多低于2%。移植过程中虽然有很多并发症，但是真正危及生命的并发症较少。国内移植医院目前仍然将移植患者安排进人层流洁净病房，目的是减少感染风险，实际上，多数感染来源于患者体内原有寄生菌，与环境关系不大，因此，国外医疗机构已经逐渐放弃层流病房，改用单间进行移植治疗，有的中心甚至在门诊安排自体移植，只有出现并发症的患者才安排人院观察治疗。无论是采集还是回输，患者需要一条通畅的静脉通路，因此，多数患者需要植人和保留中心静脉导管。导管相关的常见并发症均有可能出现，例如导管相关感染、血栓、出血、空气栓塞等。外周血动员时，由于使用粒细胞集落刺激因子，粒细胞迅速升髙可能引起患者全身骨痛，这种疼痛可以很轻，也可能严重到需要使用强效止痛药的程度，患者如果有症状，应该及时与医生联系，采用合理的对症治疗。干细胞采集时，除了静脉穿刺外，整个过程不会引起疼痛。由于进入血细胞分离机的血液需要抗凝，通常使用的抗凝剂枸橼酸钠会逐渐降低患者的血钙。低血钙可以引起手足和颜面发麻，严重时引起低钙性抽搐。调整分离机速度或者给予葡萄糖酸钙有助于改善这些症状，因此，患者需要知悉这些情况，有症状时及时告诉医护人员。尽管是选择性采集干细胞，仍然难免同时采集到一定数量的血小板，所以患者血小板可能会进一步降低，严重时需要输注单采血小板。预处理时的髙剂量放化疗也会引起各种不良反应，恶心和呕吐可以非常严重，需要采取积极的止吐治疗。脱发也非常常见，因此，预处理前通常需要刹光头发。整个消化道都有可能因为髙剂量放化疗出现溃疡，从而产生多种症状，例如口腔溃疡引起疼痛、食管溃疡引起的烧心，肠道溃疡引起的腹痛、腹泻、肛周疼痛等。不同预处理方案引起这些症状的程度不同，相应的对症治疗可以一定程度上改善症状，例如注意口腔卫生、坚持定期漱口等，但是不能完全避免。其他脏器功能也可能受到预处理影响，例如心脏、肺、肝、肾和膀胱等，因此，移植过程中，每天都需要进行各种体检、血液检査以及必要的特殊检査等。预处理相关不良反应甚至可能在患者回家后才出现，其中尤其需要注意卡莫司汀（BCNU)引起的药物性肺炎，这种肺炎表现为干咳、气短、发热等，最长可以在移植后一年才发生，早期应用皮质激素可能有效，因此，一旦发生这种症状，患者需要尽快与医生联系。自体造血干细胞移植后不会出现移植物抗宿主病（GVHD)，不需要服用免疫抑制剂，而且，一旦植人成功，患者再度发生各种感染的风险较低，所以住院时间较短，植人后可以尽早出院回家。
