哺乳动物的基因转入大肠杆菌内表达需要克服哪些困难

如楼上所说，正确折叠和糖基化修饰是很大的问题。
大肠杆菌的细胞内是还原性环境，不利于二硫键的生成，在目前的应用中，一些蛋白质是要在菌体外折叠的，不仅如此，一些蛋白的折叠依赖于分子伴侣的话，Ecoli还没有那东西。这样的话，可能是检测出有蛋白但没有活性。
我要来自补充的是密码子使用偏好的问题，有可能会出360问答现哺乳动物中的一些密码子是Ecoli不用或者毛观磁朝是少用的，这样的话表达也会出问题，检测到的含量很少。这个问题不算常见，但是碰到了会很头疼。

我了解的就这些而已，希望有帮助。