常用的分离生物分子的聚丙烯酰胺凝胶浓度为4%-金分棉30%不等。影响聚丙烯酰胺凝胶的另一个因素是交联剂单体质量占所有单体的质妒令量百分比，用％c表示，即％C=交联剂单体质量+ (丙烯酰胺单体质量+交联剂单体质量)X 100%。在总的单体浓度(％τ)确定的情况下，使用越少的交联剂(％c越小)获得的凝胶孔径越大，反之亦然。常用的用于核酸分子分离的凝胶的％c为5% ;用于蛋白分子分离的凝胶的％C为3.3%或2.6%或更低。
