用黑藻来自叶片进行质壁分离实验时，叶绿体的存在会干扰实验现象的观察吗

不会。
叶绿体存在于细胞质基质中，所以细胞质基质是绿色的，而液泡是无色的，所以叶绿体的存在可以作为质壁分离的参照。