BAL31核酸酶（BAL31：nuclease）来源于交替单胞菌（emphasis：role=italicAlteromonas：espejianaemphasis）BAL31，主要活性为3′外切核酸酶活性，可从线性DNA两条链的3′端迅速去除单核苷酸，随后可从单链DNA内部缓慢的发挥内切酶活性，形成截短了的平端双链DNA分子（约占10%20%）以及带有约5个核苷酸突出单链的截短分子（约占80%90%）。
对于所形成的单链突出，可用DNA聚合酶补平。酶活性发挥均匀，且与酶浓度成线性关系，反应时依赖Casuperscript2+superscript，EDTA可抑制其活性。
该酶可用来从两头缩短DNA，用于构建嵌套缺失体，也可用来制作DNA限制酶切图、确定DNA二级结构和从单链RNA上去除核苷酸等。
