大豆低聚糖的生理功效主要表现在以下几个方面：
（1）促进双歧杆菌的增殖，改善人体肠内菌群
由于人体内缺乏水解大豆低聚糖中的水苏糖、棉子糖的消化酶α-D半乳糖酶，所以它可不经消化吸收直接到达大肠为双歧杆菌所利用，是双歧杆菌的有效增殖因子。在人体的肠道内双歧杆菌是占绝对优势的菌群，既不产生内毒素又不产生外毒素，无致病性，并对人体有许多重要生理功能的有益菌群，对改善人体肠内菌群有重要作用。
（2）抑制肠内腐败物的产生，降低致癌酶的活性
服用大豆低聚糖后可抑制肠内腐败物指数之一的氨的成分，降低肠内因细菌引起的致癌因素β-葡萄醛酸酶和偶氮还原酶。
（3）改善排便
摄入大豆低聚糖后，因减少了肠内细菌数量可抑制病原菌和腹泻。另外双歧杆菌发酵低聚糖产生大量的短链脂肪酸能刺激肠道蠕动，增加粪便湿润度并保持一定的渗透压，从而防止便秘发生，并且对便秘有治疗作用。
（4）保护肝脏作用
摄入大豆低聚糖可减少有毒代谢产物的形成，这大大减轻了肝脏分解毒素的负担。
（5）增加人体免疫力，有防癌、抗癌作用
大豆低聚糖促进双歧杆菌通过抑制腐生菌的生长和分解致癌物而起到防癌、抗癌作用。这种作用归功于双歧杆菌的细胞、细胞壁成分和胞外分泌物使机体的免疫力提高。
（6）大豆低聚糖促进生成营养物质
双歧杆菌在人体肠道内能自然形成“B族”维生素、烟酸等营养物质，双歧杆菌还能通过抑制某些维生素分解菌来保障微生素的供应；双歧杆菌产生的磷蛋白分解酶可使幼儿容易吸收蛋白质，促进幼儿的健康发育。
（7）大豆低聚糖具有抗衰老作用
自由基是能在代谢中不断产生损害自身的毒性产物，它广泛地参与生理及病理过程，机体在自由基及其诱导的氧化反应下导致衰老，同时自由基促成的脂质过氧化作用及生成的氢化脂类，也随年龄而增加。自由基的消除主要靠抗氧化剂完成，尤其是超氧化物歧化酶（SOD）和过氧化氢酸（CAT）。服用大豆低聚糖可明显增加血中SOD活性和含量，因此大豆低聚糖在抗衰老过程中可发挥重要作用。
