这类多肽模拟天然酶底物或竞争性抑制酶活性，用于调控代谢通路或疾病治疗。例如，凝血酶底物肽（如Chromozym TH）用于检测凝血功能；HIV蛋白酶抑制剂（如沙奎那韦）通过模拟底物切割位点阻断病毒复制。此外，基于 caspase 的肽抑制剂可调控细胞凋亡，应用于神经退行性疾病或化疗耐药研究。这类肽的设计依赖酶作用机制解析，是精准医疗的重要工具。