氯甲基酮肽是一类不可逆蛋白酶抑制剂，其活性中心的氯甲基酮基团与蛋白酶催化位点共价结合，阻断酶功能。例如，TPCK（甲苯磺酰苯丙氨酰氯甲基酮）抑制胰凝乳蛋白酶，用于研究蛋白酶作用机制或炎症性疾病模型。尽管高选择性使其成为工具分子，但其细胞毒性和非特异性结合限制了治疗应用，现多用于基础研究或药物筛选平台。