表观修饰acRIP-seq(ac4C RNA乙酰化)

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2021-07-06 13:42

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表观修饰acRIP-seq(ac4C RNA乙酰化)
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ac4C RNA乙酰化是在RNA ac4C修饰酶的作用下,使N4位乙酰胞嘧啶发生乙酰化的一种保守的化学修饰(N4-acetylcytidine)。前期研究发现该修饰存在于真核生物中丝氨酸及亮氨酸tRNA18S rRNA上,导致Watson-Crick碱基热稳定性增加,调控蛋白合成中的编码准确性;近期研究发现ac4C分布在人类转录组中,大多数位点出现在编码序列(CDS)内,并且通过改善的mRNA稳定性和翻译促进靶基因表达。


201812月,Cell首次报道和描述了mRNAac4C修饰的功能,展示出该修饰对于RNA功能的显著影响目前关于ac4C的催化酶只有NAT10,其他催化酶及特异性RBP尚未有报道。


技术原理: 将乙酰化RNA特异性抗体与被随机打断的RNA片段进行共孵育,抓取有乙酰化修饰的片段进行测序;同时需要平行测序一个对照(Input)样本,对照样本只含有打断的RNA片段,并不添加RNA乙酰化特异性抗体与其共孵育。对照样本用于消除非特异性抓取的乙酰化片段的背景。对比免疫共沉淀(IP)样本和对照样本(Input)中的序列片段,将RNA乙酰化修饰位点定位到转录组上,并根据RNA-seq数据,计算样本中RNA乙酰化程度及对RNA表达水平的影响。