网络的构建 根据数据的不同和生物学实验设计的不同，可以构建多种生物学网络：转录因子调控网络，microRNA靶标调控网络，共表达网络，基因/蛋白互作网络，代谢网络，疾病网络，……，等等。同时也可以构建各种网络的相互交叉和整合。

模块(module)检索 蛋白质间互作的发生依赖于特定的实验条件,但是，由于目前互作鉴别技术内在的局限性，互作信息还不能提供互作发生对应的时空信息,现有的互作信息是静态的信息，一组基因间的互作是多个实验条件下互作关系的一种累积.因此，我们的目的是借助于基因表达谱提供的基因表达信息反映基因的活性然后对原始的互作网络进行筛选，从而得到实验条件下的应答子网.

网络模块的功能分析对于搜索出的模块进行生物学功能分析，有助于发现网络的具体生物学功能，并结合到已知的pathway或者process。