技术参数
样本类型：total RNA案例解析
案例一
上海伯豪携手西北农林科技大学对禾谷镰刀菌（Fusarium graminearum）MADS类转录因子FgMcm1在调控细胞识别和真菌发育过程中的作用进行了深入研究。禾谷镰刀菌是一种会导致玉米、小麦与大麦产生赤霉病的病原菌。之前研究发现，FgMcm1基因的缺失会导致真菌子囊壳的缺失以及瓶梗的形成。研究人员使用上海伯豪真核生物mRNA测序服务对FgMcm1突变体与野生型禾谷镰刀菌测序发现，突变体真菌的有性生殖有关的基因发生大量变化，影响真菌的正常生长。研究人员的这项工作证实了FgMcm1基因在禾谷镰刀菌细胞识别、有性/无性生殖、次级代谢以及病原菌致病机理方面有着重要的作用。
原文出处：Yang C, Liu H, Li G, et al. The MADS-box transcription factor FgMcm1 regulates cell identity and fungal development in Fusarium graminearum. Environ Microbiol.2015,7(8):2762-76.
上海伯豪携手上海大学对玉米籽粒dek＊突变体进行了深入的研究。Dek＊是一个会导致籽粒发育迟缓并且体积变小的突变体。在该研究中，研究人员首先通过图位克隆的方法克隆得到了dek＊基因。该基因编码了一个16,278bp的含有AAA－ATPase结构域的60S特异的核糖体合成因子ZmReas1。该基因的缺失严重影响了60S核糖体的形成。在该研究中，研究人员使用上海伯豪的Illumina Hiseq2500 mRNA测序服务对ZmReas1突变体中基因表达的变化进行研究发现，该基因的突变导致大量核糖体相关蛋白的表达变化。研究人员通过流式细胞仪对不同细胞的分型发现，ZmReas1的突变抑制了细胞扩增和细胞生长。
原文出处：Qi W, Zhu J, Wu Q, et al. Maize reas1 Mutant Stimulates Ribosome Use Efficiency and Triggers Distinct Transcriptional and Translational Responses. Plant Physiol.2016, 170(2):971-88.
案例三
上海伯豪携手张弓、王通和何庆瑜课题组利用稳态人类细胞进行了相对定量研究，在RNC-mRNA和蛋白质相对丰度之间加入mRNA的长度作为独立的因素，发现RNC-mRNA和蛋白质相对丰度与mRNA的长度之间存在显著的三元对数线性相关定量关系，R2在0.94以上，亦即超过94%的蛋白质的相对丰度可以通过其翻译中RNC-mRNA的相对量和mRNA长度计算获得。这一结果使中心法则中的定量关系难题在相对定量模型中得到初步解决。同时，该研究首次提出了翻译比率的新概念(translation ratio, TR)，即能够进入翻译的mRNA比例，可由RNC-mRNA与总mRNA的比值获得，主要表征着翻译起始的效率。本研究首次发现，癌症细胞中各种mRNA的TR普遍比正常细胞上调，而且长度越短的基因具越高的TR，表明更容易被翻译。同时，具显著TR改变的基因与肺癌的恶性表型密切相关。
原文出处：Wang T, Cui Y, Jin J, et al. Translating mRNAs strongly correlate to proteins in a multivariate manner and their translation ratios are phenotype specific. Nucleic Acids Res.2013.
