转录组测序（Transcriptome Sequencing, TS）是对特定组织或细胞在某个时期转录出来的所有RNA（包括mRNA和Non-coding RNA）进行测序，其中Non-coding RNA测序又细分为对microRNA, rRNA, LncRNA, tRNA等的测序。利用高通量转录组测序技术，既可研究已知基因，亦能发掘新基因，全面快速地获得mRNA序列和丰度信息等。同时还可以通过测定的序列信息精确地分析转录本的cSNP(编码序列单核苷酸多态性)等序列及结构变异。另外，某些特殊分子特征只能在RNA水平才能被观察到，如可变剪接、基因融合、RNA编辑等。
转录组具有可变性特征，不同实验条件（如用药物处理vs正常样品）或不同疾病状态都可以改变基因的表达量，因此不同的转录组特征可以作为药物疗效判断标准或者作为很多疾病的早期诊断标记。目前，转录组测序已经被广泛应用到生物学相关的各个领域，包括遗传与发育的分子机制研究和疾病过肿瘤发病分子机制研究。
生物信息学分析：前期分析包括选择合适的测序平台、建库方案、测序读长和深度，以及下机数据的过滤和质控、Reads的比对、拼接和基因、转录子、外显子水平的表达水平的量化；核心分析包括的差异表达分析（基因、转录子和外显子水平），协表达网络分析和功能注释（富集分析，GSEA，GWAS富集分析等）；后期分析包括独立样本的技术验证，qRT-PCR验证和多数据整合分析。
