产品说明：简介：转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，包括mRNA和非编码RNA。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息。高通量转录组测序技术，无需了解物种基因信息，能够对任意物种进行转录组分析，并接测定每个转录本的片段序列，精确到单核苷酸的分辨率；动态达6个数量级，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本，以及检测基因家族中相似基因和可变剪接造成的不同转录本的表达；被广泛的应用于转录本结构研究（基因边界鉴定、可变剪切研究等），转录本变异研究（如基因融合、编码区SNP研究），基因表达水平研究以及全新转录本发现。
技术路线
生物信息学分析模块
RNASeq-C01 | 测序质量评估(QC) |
| RNASeq-C02 | 模式动植物基因组数据和注释信息整合 |
| RNASeq-C03 | 测序短序列统计匹配（Read Mapping）与数据统计 |
| RNASeq-C04 | 转录组表达量的计算 |
| RNASeq-C05 | 基因表达差异分析 |
| RNASeq-C06 | 差异基因生物学通路分析（代谢通路/信号通路） |
| RNASeq-C07 | 差异基因 GO功能注释 |
| 其他 | |
样品要求
1）样品类型：细胞、新鲜组织或RNA样品。
2）样品的量：细胞样品请提供至少1×107个细胞，组织样品请提供至少300mg的组织块或切片，RNA样品请提供10 μg以上的总RNA。
3）样品质量：RNA无明显降解，提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间，浓度 ≥ 500 ng/μl，28S:18S ≥ 1.5，RIN ≥ 8。
4）样品保存：细胞样品或新鲜组织块（切成~50mg的小块）可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后，-80℃保存。RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中，-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融。
5）样品运输：样品置于1.5 ml管中，封口膜封好，干冰运输。
案例1：人前列腺癌融合基因鉴定
背景：人前列腺癌发病率位于男性恶性肿瘤的首位，并且发病率近年呈上升趋势。
目的：对人前列腺癌及癌旁组织基因转录组进行检测分析。了解人前列腺癌的种族特异性及其可能的分子生物学机制。
结果：人前列腺癌的融合基因具有种群特异性，在欧美人群中普遍高频表达（50-80%）的融合基因TMPRSS2-ERG在中国人群中的表达率仅有20%左右，而在欧美人群中尚未发现的融合基因CTAGE5-KHDRBS3和USP9Y-TTTY15在中国人群中却有很高的表达频率，分别为37%和35.2%。
[ Ren S, Peng Z, Mao JH, et al. RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicings. Cell Research, 2012, 22(5): 806-821 ]
案例2：玉米不同发育阶段转录组研究
背景：在单子叶植物中，分生组织分化产生叶片和叶鞘。玉米叶片发育的整个顺序都是沿着长度分布的，不同的部位也呈现出不同的发育阶段。
目的：对玉米叶片转录组进行分析，了解基因结构和表达差异。
结果：定位了超过120 Mb条序列，定量叶片各发育阶段中成熟维管束鞘和叶肉细胞中的转录本丰度，发现在发育各个阶段的维管束鞘和叶肉细胞中分别有64%和21%的基因差异表达。同时发现一个动态转录组，其中叶基部初级细胞壁和基本细胞代谢的转录本向顶端次级细胞壁生物合成和C4光合作用的转录本转变。
[ Li PH, L, GandotraN, et al. The developmental dynamics of the maize leaf transcriptome. Nature genetics,2010, 42(12): 1060-1067 ] Ponnala
案例3：西葫芦（基因组未知）转录组研究
背景：西葫芦属于葫芦科，富含维生素等营养成分，是一种重要的蔬菜。然而与其相关的研究报道较少，限制了分子育种的发展。
目的：采用Roche 454 FLX对西葫芦的根、叶、花等组织进行转录组测序，分析SSR和SNPs位点。
结果：通过从头组装获得平均长度为626 bp的unigene 49,610条。发现超过60%的unigene被注释分类到一个或者多个GO分类信息中。在检出的SSR中共有1,882种基序类型和9,043个SNPs位点。大量的分子标记，为遗传性状和数量性状位点分析发挥了重要的作用。
