- GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0
——最高分辨率的基因表达芯片，设计支持所有转录本异构体的全转录组分析
研究表明，基因中包含了几十万个外显子，它们产生不同的转录本异构体。当基因的外显子在加工好的信使RNA中被保留或者去除时，转录本异构体就会产生。
选择性剪接的五个基本模式为：- 外显子跳跃(Exon skipping)
- 互斥外显子(Mutually exclusive exons)
- 选择性5’端供体位点(Alternative 5’ donor sites)
- 选择性3’端受体位点(Alternative 3’ acceptor sites)
- 内含子保留(Intron retention)
直到现在，因技术限制、样品量要求以及缺乏分析能力或者工具，检测和分析这些转录本异构体也几乎是不可能的。Affymetrix最新开发的人全转录组基因表达芯片，消除了这些技术和分析限制。这一系列芯片上70%的探针覆盖编码转录本的外显子，其余30%的探针覆盖外显子之间的剪接位点和非编码转录本，无以伦比的覆盖度带来了迄今为止最为深入的编码和非编码转录本研究。
HTA 2.0芯片特点如下：
- 多个来源的数据经过编辑和组织，以便减少冗余的探针组，制定目前最全面的基因模式；
- 结果更可信，批内重复相关系数≥0.99，所有检测过的组织观察到的变异系数(CV)<6.5%；
- 临床和非临床样本都能获得有意义的结果， 包括FFPE样本(福尔马林固定石蜡包埋)和新鲜冻存样本；
- 转录组的均一覆盖，每个外显子设计约10条探针，每个外显子之间的剪接点有4条探针。确保每个实验都能获得完整、准确和可重复的数据。探针都分类成探针组，数据转化并汇总成基因水平、外显子水平和剪接位点水平的探针组，产生的海量数据，使用Affymetrix® Transcriptome Analysis Console (TAC)软件，在基因和外显子水平观察表达变化以及深入研究发生选择性剪接的外显子，准确检测罕见转录本而不影响整体性能，实现选择性剪接事件/转录本异构体的分析；
| HTA2.0芯片设计和注释的数据来源 |
| RefSeq |
| Ensembl |
| UCSC (known genes and lincRNA transcripts) |
| Vertebrate Genome Annotation (Vega) database |
| Mammalian Gene Collection (MGC) (v10) |
|
| lncRNA db |
| Broad Institute, Human Body Map lincRNAs and TUCP catalog |
| Array content | Protein coding content | Non-protein coding content |
| Genes (transcript clusters) | 44699 | 22829 |
| Transcripts | 245349 | 40914 |
| Exons | 560472 | 109930 |
| Exon clusters | 296058 | 82444 |
| Splice junctions (probe sets) | 339146 | 0 |
- GCBI支持GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0芯片分析
HTA 2.0芯片检测获得数据与GCBI在线实验室在线分析缝整合成一个解决方案，让您在几天内获得有生物学意义的结果，从而为人类疾病和临床转化医学研究提供帮助。设计及分析结果展示及试用，请注册GCBI ，参考示范实验室[1] G Xu, et al. Long noncoding RNA-EBIC promotes tumor cell invasion by binding to EZH2 and repressing E-cadherin in cervical cancer[J]. Molecular Cancer, 2014 （HTA1.0）
[2] Shangqing Song, Linhui Wang, et al. RCCRT1 Is Correlated With Prognosis and Promotes Cell Migration and Invasion in Renal Cell Carcinoma[J]. Urology, 2014 （HTA1.0）
[3] Z Liu, et al. Microarray Profiling and Co-Expression Network Analysis of Circulating lncRNAs and mRNAs Associated with Major Depressive Disorder[J]. Plos One, 2014 （HTA2.0）
[4] P Wang, XT Cao, et al. The STAT3-Binding Long Noncoding RNA lnc-DC Controls Human Dendritic Cell Differentiation[J]. Science, 2014 （HTA2.0）
