研究DNA结合蛋白与其靶DNA之间相互作用的主要实验手段之一。

原理及流程如下：

1. 链亲和素磁珠能够与生物素标记DNA/蛋白复合物结合。
2. 在磁场下或通过离心使结合物与上清液分离，吸弃上清液并洗涤磁珠，然后用SDS样品液使蛋白变性而与磁珠分离。
3. 分离液中的蛋白质用SDS 聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）或双向电泳分离，SDS PAGE用高灵敏度考马斯亮蓝（CBB）染色。
4. 然后从染色胶上切下所需蛋白带进行质谱分析，确认蛋白种类与类型。