lncRNA 基因芯片服务

¥7000
2021-07-23 14:52

杭州晶佰生物技术有限公司

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杭州晶佰生物技术有限公司
张女士
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产品属性
服务名称long noncoding RNA 基因芯片服务
产品说明
长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA) 指的是长度在200-100000 nt之间的RNA分子。lncRNA起初被认为是基因组转录的“噪音”,它们不编码蛋白,但参与细胞内多种过程调控。人们对lncRNA的认识还处在初级阶段,是RNA聚合酶II转录的副产物,不具有生物学功能。然而,近年来的研究表明,lncRNA参与了X染色体沉默,基因组印记以及染色质修饰,转录激活,转录干扰,核内运输等多种重要的调控过程,lncRNA的这些调控作用也开始引起人们广泛的关注。lncRNA的种类远远超过编码RNA,哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生的转录本是lncRNA(相应的蛋白编码RNA的比例是1%-5%)。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点。 

lncRNA研究的重要一步是发现与特定疾病相关的lncRNA。传统的lncRNA筛选方法(SELEX等)效率低下,假阳性率高。而基因芯片具有覆盖全面、高效、准确的特点,因此用基因芯片来筛选lncRNA是一种准确快捷的方法。 

lncRNA芯片,并利用Agilent公司专利的SurePrint技术制造。为您提供完善的基因芯片技术服务,并完成数据分析,提供完整的实验报告。 

芯片信息:

芯片名称

格式物种基因数目
 Human lncRNA芯片4×180K人(Human)48,011个lncRNA + 41,712个mRNA
Rat lncRNA芯片4×44K大鼠(Rat)9,843个lncRNA + 30,451个mRNA
 Mouse lncRNA芯片4×180K小鼠(Mouse)49,479个lncRNA + 39,430个mRNA
一 芯片特点:
1)目前市面上探针密度最高的lncRNA芯片产品;
2)芯片采用Agilent eArray平台设计,使用Agilent SurePrint技术合成,技术重复性高于99%;
3)覆盖主流数据库所有lncRNA,可同时检测lncRNA和mRNA,并挖掘两者之间的关联;
4)检出率高:随机引物扩增方式,可同时扩增带Ploy-A和不带Poly-A的lncRNA,确保更多的lncRNA被检测出来;
5)提供完整lncRNA芯片数据分析解决方案。 

技术重复散点图


二、服务流程

1.实验流程:
2.数据分析流程:
三、数据分析项目简介
1、差异表达lncRNA和mRNA筛选 
对芯片产生的数据进行预处理,均一化,利用SAM(包含T-test)统计分析法在分组样本中筛选差异基因,一般的参数选择p<0.05,fold chang>2或fold chang<0.5。 

2、差异表达lncRNA重注释 
由于lncRNA芯片的注释不太完善,且注释的准确性不高,需要将差异lncRNA子在基因组上进行重新定位,确定其在染色体上的位置及与其他基因的关系,如下表所示。
差异lncRNA重注释例表 
3、lncRNA靶基因预测 
lncRNA与靶基因作用方式有Cis作用及Trans作用。对于Cis作用,我们利用基因组注释的lncRNA及编码基因的位置关联鉴定lncRNA的可能的靶基因。对于Trans作用,我们根据lncRNA的序列与靶基因3’-UTR序列上的相关性鉴定lncRNA的可能的靶基因。
cis方法预测了lncRNA的靶基因所得的部分EXCEL表:
trans方法预测了lncRNA的靶基因所得的部分EXCEL表:
lncRNA转录因子结合位点预测分析的部分结果
4、lncRNA转录因子结合位点预测分析 
提取lncRNA转录起始位点上游2000bp,下游500bp。转录因子数据库使用TRANSFAC 7.0 public(动物)或PlantCARE(植物)。转录因子结合位点预测程序进行转录因子分析。