SNP是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的一种DNA序列多态性。这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。SNP是人类可遗传的变异中最常见的一种，也是基因组中最为稳定的变异，占所有已知多态性的90％以上。在人类基因组中大概每1000个碱基就有一个SNP，人类基因组上的SNP 总量大概是3×106个。
Affymetrix人类SNP6.0芯片含有超过906,600个SNPs,该芯片同时含946,000个非多态性CNV探针，用于检测拷贝数变异，其中202,000个用于检测5677个已知拷贝数变异区域的探针，这些区域来源于多伦多基因组变异体数据库。应用领域全基因组SNP分型、全基因组CNV分型、全基因组关联分析、全基因组连锁分析。