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北京果壳生物科技有限公司
Small RNA测序
Small RNA测序
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最新更新日期：
2021-07-23 15:43
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北京果壳生物科技有限公司
联系人：
孙女士
联系电话：
18310710859
4000079358
联系邮箱：
qionglin.sun@bioguoke.com
QQ：
444872711
产品说明
产品简介
Small RNA是生物体内一类序列长度在18~30bp，对生命活动具有重要调控作用的RNA分子，主要包括miRNA、siRNA和piRNA，一般通过与靶向mRNA特异性结合来调控靶mRNA的表达，从而在生物体的细胞生长、分化、个体发育、疾病发生以及靶向药物研究等起着重要的调控作用。小RNA测序是利用高通量测序技术对小RNA进行检测，能快速鉴定并定量不同组织、不同发育阶段、不同胁迫条件下已知和未知的小RNA的表达及其靶标mRNA，为研究small RNA功能及调控机制提供有力手段。
产品优势
通量高：
一次测序得到数百万条以上的序列；
分辨率高：
可以检测小RNA 单个碱基的差异；
精准度高：
从几个到数十万个拷贝精确计数； 快速全面鉴定和预测各种类型的Small RNA及靶基因；
项目经验丰富，实验流程和生信分析流程成熟，数据可靠。
技术路线
结果展示
small RNA分类注释
将Clean Reads分别与Silva数据库、GtRNAdb数据库、Rfam数据库和Repbase数据库进行序列比对，过滤rRNA、tRNA、snRNA、snoRNA等ncRNA以及重复序列，获得包含miRNA的未注释的 reads，将未注释的reads与参考基因组进行序列比对，将比对上的reads进行已知及新的miRNA鉴定。
miRNA表达量分析
各样品中miRNA表达量总体分布图能反映样品中miRNA的整体表达水平。
差异表达miRNA聚类分析
在不同实验条件下筛选差异miRNA，通过将表达模式相同或相近的miRNA聚集成类，从而识别未知和已知miRNA的的调控功能。
差异miRNA维恩图分析
不同差异组合之间差异miRNA韦恩图可以直观地显示出不同比较组之间共同的和特有的差异表达miRNA的个数，从而解析不同处理组miRNA调控机制，如果只有两个样品时，则只进行两个样本之间的韦恩图绘制。
差异miRNA靶基因GO富集分析
通过对差异表达miRNA靶基因进行GO富集分析，研究miRNA调控靶基因在生物过程(biological process)、 细胞组分(cellular component)和分子功能(molecular function)的富集及其功能。
差异miRNA靶基因KEGG富集分析
差异miRNA靶基因KEGG富集程度通过Rich factor、Qvalue和富集到此通路上的基因个数来衡量。enrichment factor越大，表示富集的程度越大。Qvalue值越接近于零，表示富集越显著。挑选富集前20位的pathway条目在图中展示，有助于解析miRNA调控靶基因功能。
常见问题
1、Q：Small RNA测序物种适用范围是什么？
A：大部分Small RNA来源于基因间区，适用于有参考基因组或有转录组信息的物种。
2、Q：miRNA测序一般推荐数据量？
A：普通二倍体物种一般推荐10M，多倍体物种可以测20M。
3、Q：预测的新miRNA和siRNA如何区分？
A：miRNA和siRNA前体序列特征不同：miRNA前提要求可形成发卡结构，而siRNA无此特征，因为可以通过这个区别来区分miRNA和siRNA。
4、Q：miRNA靶基因验证方法有哪些？
A：（1）利用qPCR 验证测序结果 （2）采用 Northern 杂交，FISH 等方法，进一步证实候选基因的差异表达和细胞内定位。 （3）后续开展候选基因功能验证，主要通过体内体外的功能缺失或功能获得证实候选基因与表型的相 关性，包括 RIP，RNA pull-down，Dual-Luciferase Reporter 等实验手段，直接验证 miRNA 与mRNA的调控机制。
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