实验目的：
转录组是指某个物种或特定细胞在某一生理功能状态下，细胞内所有转录的mRNA产物的集合，包含了时间和空间的限定，是连接基因组遗传信息与生物功能的蛋白质组的必然纽带。转录水平的调控是目前研究最多的，也是生物体最重要的调控方式。应用高通量技术进行转录组测序是一种快捷可靠的获取转录组信息的方法。提供mRNA的转录本表达分析。相对于表达谱，由于其测序长度长且是双向测序，基因上的覆盖度好。因此除了基因表达分析外，还能鉴定转录发生位点，可变剪切，融合基因等。测序长度为2*100bp.

实验流程：


实验平台：
Hiseq2000
数据分析：

（1）原始测序Reads质量基本统计

（2）Mapping率统计
Mapping率统计。我们应用Tophat软件，将Clean后的Reads匹配回基因组上，计算Mapping到基因组上的比率。

（3）Mapping随机性分析
提取每个基因序列，根据SOAP的比对结果，检查Reads在各基因上的分布，分析不同样本的Reads在转录本上的分布是否是随机，并用Kolmogorov-Smirnov test进行随机性检验，检查Reads的位置分布是否为均匀分布。

（4）差异表达基因筛选

（5）差异基因功能富集分析
KEGG富集分析（我们使用fisher test 对差异表达的基因进行KEGG的Pathway进行富集分析。KEGG功能显著性富集分析给出与基因组背景相比，在差异表达基因中显著富集的KEGG的代谢通路，从而给出差异表达基因与哪些生物学功能显著相关。该分析首先把所有差异表达基因向KEGG数据库（www.genome.jp/kegg/‎）的各个pathway映射，计算每个pathway的基因数目，然后应用超几何检验，找出与整个基因组背景相比，在差异表达基因中显著富集）

GO富集分析（给出与基因组背景相比，在差异表达基因中显著富集的GO功能条目，从而得出差异基因与哪些生物学功能显著相关。该分析首先把所有差异表达基因向Gene Ontology数据库（http://www.geneontology.org/）的各个term映射，计算每个term的基因数目，然后应用超几何检验，找出与整个基因组背景相比，在差异表达基因中显著富集）

（6）聚类分析
当数据存在时间、浓度等梯度重复时，我们样本进行HEATMAP聚类分析，聚类前，进行数据的过滤处理


（7）融合基因分析
所谓融合基因，是指将两个或多个基因的编码区首尾相连．置于同一套调控序列（包括启动子、增　强子、核糖体结合序列、终止子等）控制之下，构成的嵌合基因。融合基因的表达产物为融合蛋白。前期的研究中发现融合基因和癌症等疾病相关。



（8）已知的选择性剪切分析
选择性剪接（也叫可变剪接）是指从一个mRNA前体中通过不同的剪接方式（选择不同的剪接位点组合）产生不同的mRNA剪接异构体的过程，而最终的蛋白产物会表现出不同或者是相互拮抗的功能和结构特性，或者，在相同的细胞中由于表达水平的不同而导致不同的表型。



费用及其周期：
费用：
检测费用：15000元/样本
周期：
检测实验：45-60工作日
送样要求：
（1）组织样品（动物、植物、微生物）：提供总量大于200毫克的新鲜样品，避免过老组织；采样后应立即用液氮冻存，送样时使用干冰；
（2）RNA/DNA样品：请提供OD260/280介于1.8~2.0之间，浓度>100ng/ul，总量为10ug，并确保RNA无降解，无污染；送样时使用干冰；质检以我方电泳胶图和紫外分析仪定量为准。