mRNA 高通量测序，即转录组测序，检测某个物种或特定细胞在某一功能状态下产生的 mRNA 的总和，是研究细胞表型和功能的一个重要手段。转录组的定义中包含了时间和空间的限定。同一细胞在不同的生长时期及生长环境下，其基因表达情况是不完全相同的。RNA-Seq 是指利用二代高通量测序技术可以全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。

测序平台：
Hiseq2500，Hiseq4000

生物信息分析
1. 有参考基因组的转录组分析（Transcriptome analysis with reference genome）
A. 测序原始数据处理（质量剪切、污染序列去除等）
B. Contig 和 Unigene 统计分析
C. Unigene 功能注释（NR、GO 和KEGG等）
D. SNPs 及 SSR 分析等
E. 基因表达差异分析（不少于两个样品）

2. 无参考基因组转录组分析（De novoTranscriptome Analysis）
A. 测序原始数据处理（质量剪切、污染序列去除等）
B. 短序列 mapping 至参考基因组序列
C. 基因功能注释
D. 基因结构分析
E. 可变剪切分析
F. 基因表达差异分析（不少于两个样品）
G. 预测新的基因