技术简介:
单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)是一种以PCR方法为基础的第3代遗传标记。以约1000bp为间隔分布于基因组的SNP标记的相关研究,可为探测复杂性状内每个参与基因的微小效应提供依据。同样也可利用一系列相关基因的SNP来检测候选基因并进行相关研究。单核苷酸多态性是研究人类家族和动植物品系遗传变异的重要依据,因此被广泛用于群体遗传学研究(如生物的起源、进化及迁移等方面)和疾病相关基因的研究,在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用。
SNP标记的定位也为建立高密度的遗传图谱创造了必要的条件。达邦生物公司采用Illumina二代测序技术可以高通量、并行对核酸片段进行深度测序。测序采用边合成边测序反应,即在碱基延伸过程中,每个循环反应只能延伸一个正确互补的碱基,根据四种不同的荧光信号确认碱基种类,保证最终的核酸序列质量,经过多个循环后,完整读取核酸序列。利用高通量的二代测序方法,能快速高效而又低成本的找到SNP位点,为遗传学研究提供高品质的方案。
实验流程:
(亲本和群体)样本DNA制备→基因组DNA片段化处理→高通量测序(Illumina Genome Analyzer)→数据处理→发掘多态性SSR标记序列/SNP标记序列
适用范围:
1.任何两性生殖生物
2.不依赖基因组序列信息
3.全基因组SSR、SNP和STS标记
4.群体水平亲子鉴定
5.高密度遗传连锁图谱
6.目标性状高精度QTL定位
技术特色:
☆高阶混合池Illumina测序
——降低测序成本
☆精细生物信息学分析
——甄别标记座位在基因组中的唯一性和等位性
☆普适标记座位数据库
——适用于同种其它实验群体或转化为其它标记类型
实验周期:3-6个月
材料提供:
尽量提供基因组DNA;
要求:
1.样品浓度:≥100 ng/ul;
2.样品总量:≥30 ug,
3.样品纯度:OD260/280为1.8-2.2;
4.电泳要求:主带清晰,无降解或轻度降解
若无条件制备DNA:
植物组织样品请尽量选用幼嫩新鲜的,取样后用锡箔纸包裹并标注,立即放入液氮速冻,保存于液氮或超低温冰箱中。动物组织、细胞或菌体取样后置于冻存管中并标注,立即放入液氮速冻,保存于液氮或超低温冰箱中。
运输:
请将所有样品集中置于管、盒或袋中,以免散装导致样品的丢失。在运输过程中,最好放在干冰中,时间不要超过72小时,如果利用冰袋运输,则时间最好不要超过24小时。