全基因组重测序

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2021-08-01 02:17

晶能生物技术(上海)有限公司

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服务名称全基因组重测序
提供商晶能生物
产品说明
全基因组重测序

简介:全基因组重测序是对已知基因组序列的物种进行不同个体的基因组测序,并在此基础上对个体或群体进行差异性分析。它可以获取最全的基因组信息,找到大量的单核苷酸多态性位点(SNP),插入缺失位点(InDel,Insertion/Deletion)、杂合性缺失(LOH)、拷贝数变异(CNV)以及基因组重排导致的结构变异位点(SV,Structure Variation)。晶能凭借多年稳定的信息学研究分析经验,可以针对各种变异进行综合分析;配合比较基因组学分析,群体遗传学分析,进化分析和计算生物学分析方法既可以用于深入探索疾病基因组的奥秘,也可以高效识别动植物的性状连锁区域,为育种品种改良提供科学依据和技术支撑。

技术路线:


生物信息分析


样品要求

1) 样品总量:≥ 10ug;

2) 样品浓度:≥ 50ng/ul.

3) 样品纯度:OD值260/280应在1.8~2.0;

4) 样品质量:基因组完整、无降解、无污染。

5) 样品包装:用封口膜密封样品,DNA低温运输(-20℃)。

应用案例

The genomic signature of dog domestication reveals adaptation to a starch-rich diet.
Nature, 495, 360–364 (21 March 2013).

为了研究狗的驯化进程,对多个品系的狼和狗进行全基因组重测序并发现380万个SNP位点。进一步研究发现了36组促使狗进化(区别于狼)的基因,其中在脑部基因中有8组是参与神经系统发育的,这些基因使得狗更加温顺,从而解释了狗如何过渡成为人类的好朋友。此外还发现10个与淀粉消化脂肪代谢密切相关的基因在狗中显著高表达,使得狗饮食结构与狼产生差异。

参考文献

[1] Govindan R, Ding L, Griffith M,et al.Genomic landscape of non-small cell lung cancer in smokers and never-smokers. Cell, 2012, 150:1121-34.
[2]
Murchison EP, Schulz-Trieglaff OB, Ning Z,et al. Genome sequencing and analysis of the Tasmanian devil and its transmissible cancer. Cell, 2012, 148:780-791.
[3] Axelsson E, Ratnakumar A, Arendt M L, et al. The genomic signature of dog domestication reveals adaptation to a starch-rich diet[J]. Nature, 2013, 495(7441): 360-364.