去除样本中的rRNA后，RNA测序结果显示，相比其他供应商的rRNA去除试剂盒，GeneRead rRNA Depletion Kit高效去除了rRNA，同时保留了更多的miRNA和非编码RNA（参见More effective and specific rRNA depletion）。使用供应商E和供应商I的试剂盒对RNA进行rRNA去除，其生物型分布显示，rRNA去除显著少于QIAGEN试剂盒，且供应商E的试剂盒富集了scRNA（例如7SL和Alu RNA）。与富集蛋白编码RNA的poly A纯化结果相似，GeneRead rRNA Depletion Kit处理的样本含有多种类型的RNA，例如miRNA和其他非编码RNA。
无人工去除蛋白编码基因
GeneRead rRNA Depletion Kit高效去除rRNA，但不影响其他类型的RNA含量。其他供应商的同类试剂盒可能会影响蛋白编码（poly A）RNA的含量，尤其是非特异性去除非核糖体RNA。相反，GeneRead rRNA Depletion Kit处理结果与poly A纯化结果相一致，保留了其他类型RNA和蛋白编码基因的自然含量（参见The GeneRead rRNA Depletion Kit ensures greater conservation of the mRNA profile和Specific rRNA depletion for better representation of protein coding genes）。
原理
在总RNA中，核糖体RNA的丰度最高，占到总RNA量的80%以上。RNA测序等应用需要最大限度的利用一次测序反应获得最多的有用数据。核糖体RNA所含的转录组信息很少，会浪费宝贵的测序资源。GeneRead rRNA Depletion Kit高效去除核糖体RNA，同时确保mRNA和非编码RNA的完全回收，适用于多种物种样本（参见GeneRead combines two steps of specificity:DNA/RNA sequence specificity and antibody binding）。与poly A纯化相比，去除rRNA能够保留非腺苷化RNA、非编码RNA和调节RNA，可实现对RNA调节、新生转录、RNA编辑等的研究，增进我们对转录组复杂性的理解。该试剂盒能够提高有用数据的比例，保留非编码RNA，因此能够获得适合二代测序的高品质RNA。
操作流程
GeneRead rRNA Depletion Kit采用高效的特异性杂交方法，选择性去除rRNA（参见GeneRead combines two steps of specificity:DNA/RNA sequence specificity and antibody binding）。该方法基于寡核苷酸探针特异性杂交，这些探针经过设计，专门杂交大（18s、28s）、小（5s、5.8s）rRNA和线粒体（12s、16s）rRNA。抗体识别RNA:DNA杂交体，生成的抗体-杂交体复合物可被蛋白G微珠高效捕获。之后将这些微珠从样本中分离出来，即高效去除了rRNA（参见GeneRead rRNA Depletion Kit procedure）。去除了rRNA的样本保留了多种类型的RNA，包括poly A mRNA、非腺苷化mRNA、非编码RNA和调节RNA。
