原位杂交（in situ hybridization, ISH）是用标记的DNA或RNA为探针，根据碱基互补配对原则，在原位检测组织细胞内特定核酸序列的方法。根据探针的标记物是否直接被检测，原位杂交可分为直接法和间接法。直接法主要用放射性同位素、荧光及某些酶标记的探针与靶核酸进行杂交，通过放射自显影、荧光显微镜术或成色酶促反应直接显示。间接法用半抗原标记探针，通过免疫组织化学法对半抗原定位，间接显示探针与靶核酸形成的杂交体。非放射性标记的原位杂交具有安全、经济、灵敏度高等优点，因而生物素标记探针digaoxin标记探针迅速发展。
标记探针迅速发展。
1、原位杂交（digaoxin）实验流程

1. 蛋白酶K处理
2. 预杂交
3. 探针变性
4. 杂交
5. 洗涤
6. 消化残余的RNA
7. 封闭液封闭30min。
8. 抗体孵育1~2h。
9. 洗涤
10. 显色BCIP/NBT显色液加至标本上避光显色20min。若无背景出现可继续显色过夜。
11. 核固红复染，充分自来水冲洗。
12. 梯度乙醇脱水，二甲苯透明，中性树脂封片，光镜观察拍照。

2、荧光原位杂交实验流程（FISH）
1、脱蜡
2、蛋白酶处理
3、变性
4、杂交
5、杂交后水洗
6、检测
7、扩增
8、DAPI封片，荧光显微镜拍照。