洁净实验室的通风设计如下：
① 对有洁净等级要求的正压实验室、回风与经过集中处理的新风混合后进入空调机组的洁净实验室，机组内设中效过滤，房间送风口设高效送风口，回风口处设空气阻尼层，气流组织采用上送侧回;通过调节回风阻尼层阻力调节回风量，以实现对洁净室的正压控制。在机组新风入口处设电动风阀，与洁净空调机组联锁。洁净实验室送风量通过缓冲间压出，在缓冲间外的实验室房间常配有通风柜排风和房间排风，满足各房间的压力梯度。
② 对有洁净等级要求的负压实验室，如动科院寄生虫实验室的细胞培养室，既要保证洁净，又要保持负压。送入洁净间的风量为此房间排风量的70%~80%，并加定风量阀锁定送风量。排风机与空调机联锁运行，排风口处加定风量阀，以满足实验室压力梯度的要求。另外，与正压实验室不同的是负压洁净实验室外的房间内仍要保证为同洁净等级，因此洁净空调其余20%~30%的风量送至实验室辅助房间、
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9 非实验区域，使气流流向从安全区到产生危险物质的实验房间，既保证污染源不泄漏，又保证了实验室的洁净等级。
(6)一些有特殊排风要求的实验室(例如有药品柜、安全柜的实验室)，其排风机配置变频器，实现24小时不间断排放。而一般实验室房间排风均为负压，压差约5Pa。
(7)有的通风柜内需要安置电炉，有的实验产生的大量酸碱有害有毒气体具有极强的腐蚀性，通风柜的台面、衬板、侧板都应具有防腐功能。使用硫酸、硝酸、氢氟酸等强酸的场合，还要求通风柜的整体材料必须防酸碱，须采用不锈钢或玻璃钢材料制造。风柜内衬板材质采用环氧树脂板。
(8)实验室的A声级噪声限制值为50dB，增加管道截面尺寸可以降低噪声，考虑到管道的经费和施工问题，大部分风量为1600m3/h的通风柜与实验室房间的管道、有平时排风要求的竖井的截面尺寸多数为350×400mm。
(9)实验室排出的有毒和酸碱腐蚀性极强的气体会对环境造成污染，在排入大气前根据气体的成分采取吸取、过滤等措施对其进行净化处理，使排出气体有害成分低于国家环保卫生要求。例如动物房的气体经过粗效和中效过滤后，直接排入大气，排出口应高出顶部3m以上。
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10 (10)洁净实验室事故排风换气次数为12 h-。事故排风装置的控制开关应分别设在洁净室和室外便于操作的地点，并应与净化空调机联锁，室内宜设报警装置。
(11)对需要氢气、乙炔和燃气的实验室，要作好房间内的通风。当实验房间没有可开启外窗时还要设置燃气泄漏报警装置(防爆型)和事故排风(换气次数为12 h-)，控制开关设在实验室便于操作的地点。
(12)空压机房设通风，保证站内设计温度低于40℃。2台空压机共用1个排风管，排热至室外，空压机进风口与冷却用空气均来自室外新风。
(13)整个实验室虽然设置通风柜多达550台以上。但资料和经验表明100台通风柜中99%的时间只有18个或更少的在使用，尤其是当实验室不同时使用或学校放假期间，使用数量会更少，所以，不用担心通风柜带来巨大的能耗。
(14)对竖向设置的发热量较大的网络机房设竖向集中排风，可有效控制服务器机房的温度。
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