表达谱和转录组研究

第二代测序技术可对某一组织、某一时间表达的所有mRNA进行序列测定，故又被称为深度测序，其表现在转录组研究上的两大进展为表达计数和序列分析。无需利用任何转录子特异性杂交探针和无需事先知道基因组的注释情况，就可对测得的每条序列进行计数以获得每个特定转录本的表达量，是一种数码化的表达谱检测，能检测到丰度非常低的转录本。发现新信息的能力是SAGE文库测序或芯片技术不可比拟的。与基因芯片技术相比，基于第二代测序技术的全基因组表达谱分析方法具有以下的优势：
(1) 数字化信号：直接测定每个基因的特异性表达标签序列，通过计数表达标签序列的数目来确定该基因的表达量，大大提高了定量分析的准确度。
(2) 重复性高：不同批次的表达谱度量准确，能够更准确的进行表达差异分析。
(3) 灵敏度高：对于表达存在差异的基因能够灵敏的检测其表达差异；能够检测出低丰度的表达基因。
(4) 全基因组分析：由于不用事先设计探针，而是直接测序的方式，因此无需了解物种基因信息，可以直接对任何物种进行包括未知基因在内的全基因组表达谱分析。
(5) 高通量测序：已有数据表明，当测序通量达到200万个表达标签时，即可得到样本中接近全部表达基因的表达量数据，而目前每个样本分析可以得到300 万~600万个表达标签；可同时发现新的转录本、基因组表达调控区域等；具有后期强大的生物信息学分析能力支持。