全基因组重测序(Resequencing)是对基因组序列已知物种进行不同个体间的基因组测序，并在此基础上对个体或群体水平进行差异性分析。通过全基因组重测序，可以全面的挖掘基因序列差异和结构变异，应用范围涉及群体遗传学研究、关联分析、进化分析、临床医药研究等众多领域。
随着测序成本的大幅度降低以及测序效率的数量级提升，全基因组重测序已经成为研究动植物分子育种及人类疾病最为快速有效的方法之一。
技术路线：数据分析： 1、基本数据分析：数据产出统计、参考序列比对
2、SNP检测与统计
3、InDel检测与统计
4、结构变异（SV）分析
5、拷贝数变异（CNV）分析
结果案例：T-DNA插入位点检测
参考文献：
1、Jia G, et al. A haplotype map of genomic variations and genome-wide association studies of agronomic traits in foxtail millet (Setaria italica) .Nature Genet. 2013; 45: 957-961.
2、Huajun Zheng,et al. The genome of the hydatid tapeworm Echinococcus granulosus Nature Genetics 45,1168–1175 (2013)
