基因转录水平的研究是功能基因组学和医学研究的基础。数字基因表达谱升级版（RNA-Seq）是用来研究某一生物对象在特定生物过程中基因表达差异的技术。该技术结合了转录组测序建库的实验方法与数字基因表达谱（Digital Gene Expression Tag Profiling, DGE）的信息分析手段，可广泛应用于生理调控、农业性状、生物标记、环境改造、疾病机制和药物筛选等领域。

技术优势

1. 数字化信号：测序直接获得序列，无背景噪音，无交叉杂交；可鉴别序列间单个碱基的差异；
2. 高通量：一次测序得到千万条以上的序列；
3. 检测阈值宽：跨越6个数量级的宽检测阈值，从几个到数十万个拷贝精确计数；
4. 良好的重复性：深度测序保证了抽样随机性，重复性非常好，无需重复实验；
5. 定量更准确：使用RPKM方法计算基因表达水平。
6. 高灵活性 ：依据客户需求，提供不同测序平台服务。

质控评估

针对RNA样本，采用电泳、NanoDrop、Agilent Bioanalyzer等方法进行样品检测。样本必须符合数字基因表达谱升级版建库要求。构建完成的文库，采用Agilent 2100检测浓度和片段长度，并用QPCR检测文库分子浓度。文库片段大小，浓度必须符合上机标准。

研究内容

一、标准信息分析

1）测序评估（包括：数据比对统计、测序质量评估、测序饱和度分析、测序随机性分析、Reads在参考基因/基因组上的分布）；

2）基因表达注释（包括：基因覆盖度统计、结果文件列表、结果文件示例）；

3）条件特异表达分析（Proton平台，包括：条件特异表达基因统计图、样品特异基因结果）；

4）主成分（PCA）分析（Proton平台）；

5）差异表达基因筛选（包括：差异基因统计图、差异基因表达图、所有基因表达差异结果、差异表达基因筛选结果）；

6）基因表达模式聚类分析；

7）Gene Ontology功能显著性富集分析；

8）Gene Ontology功能分类；

9）KEGG Pathway显著性富集分析；

10）蛋白互作网络分析。

二、定制化信息分析

可结合客户的需求，协商确定定制化信息分析内容。

平台推荐

Hiseq测序平台是研究表达谱强有力的工具，其具有高特异性和准确性，可很好满足客户的要求。

Proton测序平台是最新一代的测序技术，产品执行周期短，平均读长长，适合对项目执行周期要求高，或者对Proton测序平台感知度高的客户。

参考文献

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