转录组研究能为我们基因在信mRNA水平的表达信息，这些信息有助于我们寻找差异表达基因，从而发现新的癌症标记物。
转录组数据同样可以用于分析可变剪切事件，这些可变剪切事件在癌症发生发展过程中起到重要作用，可以提供我挖掘癌症标记物的新资源。