差异表达趋势聚类分析根据实验设计和研究目的，选用专门处理时间序列实验数据的算法根据基因随时间发展的表达水平变化趋势对基因进行聚类，每一类的基因具有相似的表达谱，这对研究共表达基因很有帮助。
差异表达趋势分析可用来做处理时间、剂量变化、疾病亚型分型(sub-classification)，也可用于检测样本群体分布情况，发现表达相关基因群等。常用的聚类方法有层次聚类(hierarchical cluster)，K-means，自组织映射（SOM）。
