长链非编码RNA测序

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2021-08-17 06:08

深圳华大基因科技服务有限公司

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产品属性
服务名称长链非编码RNA测序
提供商华大科技
产品说明

长链非编码RNAs(long non-coding RNAs,lncRNAs)是一类长度大于200 nt且不编码蛋白质的RNAs(不含rRNA),广泛存在于各种生物体内。lncRNAs参与表观遗传、转录以及转录后等多水平的调控过程,在生命活动中具有重要作用。华大科技推出的lncRNA测序服务,使用高通量测序技术结合先进的生物信息学分析,一次性获得样本中几乎全部的lncRNAs信息,为您全面、深入地研究lncRNAs的功能提供了全新的工具。

技术优势

  1. 技术稳定,建库重复性好:同一样本重复建库相关性Pearson值大于0.993;
  2. 基于高通量测序技术,可一次性获得样本中几乎全部的lncRNA信息;
  3. 不局限于对已知lncRNA的研究,还可进行novel lncRNA的预测;
  4. 除人和鼠外,还可应用于其他真核物种,可共同制定定制化研究方案。

研究内容

一、标准信息分析

1. 基本数据统计

1.1 去除接头序列、低质量序列得到clean data

1.2 与核糖体数据库比对,去除核糖体RNA数据

2. lncRNA鉴定

2.1 转录本组装

2.2 鉴定已知转录本(包括已知lncRNA)和新转录本

2.3 预测新的lncRNA

3. lncRNA定量及差异表达分析

3.1 lncRNA定量及差异分析(需至少2个样品)

3.2 组间差异分析(需至少2组,每组至少3个样品)

3.3 lncRNA差异表达模式聚类

4. lncRNA功能预测

4.1 基于互补序列的lncRNA-mRNA互作分析

4.2 基因上下游的lncRNA分析

4.3 miRNA前体预测

5. lncRNA家族预测分类

二、高级信息分析

1. CNC(coding-non-coding)共表达注释(需5对以上case+control)

2. Pathway富集分析

更多详细信息请访问

http://www.bgitechsolutions.cn/service-solutions/ngs/transcriptomics/lncrna-seq/

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