RNA Immunoprecipitation（RIP）是研究细胞内RNA与蛋白结合情况的技术，是了解转录后调控网络动态过程的有力工具，能更有效地发现miRNA的调节靶点。RIP技术针对目标蛋白的抗体把相应的RNA-蛋白复合物沉淀下来。之后，经过分离纯化就可以对结合在复合物上的RNA进行测序、芯片等高通量分析。

上海伯豪将RIP技术结合新一代测序技术，推出了RIP-SEQ服务，将有助于广大科研工作者更高通量地了解癌症以及其它疾病整体水平的RNA变化。


一、 RIP -SEQ实验基本原理：

1. 用抗体或表位标记物捕获细胞核内或细胞质中内源性的RNA结合蛋白。

2. 防止非特异性的RNA的结合。

3. 免疫沉淀把RNA结合蛋白及其结合的RNA一起分离出来。

4. 结合的RNA序列通过高通量测序（RIP-Seq）方法来鉴定。


二、 上海伯豪RIP-SEQ数据分析服务内容：

1. 原始数据的QC、数据预处理

2. RIP-seq 分析

1) 将reads比对到基因组：将预处理reads与reference genome进行mapping，最后得到mapping的sam结果文件，给出mapping结果统计。

2) peak detect：应用sam文件进行peak富集区查找。

3) motif detect：查找结合位点区结构特性，寻找转录因子结合区域的motif结构。

4) 基因关联：应用结合位点区位置，确定其周围所涉及的基因。

5) 关联基因GO差异分析：以参考基因组为背景集对结合位点关联基因进行GO富集分析。