简化基因组测序

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2021-08-17 08:54

南京极光基因科技有限公司

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丁亦飞
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产品说明

服务简介

简化基因组测序(Reduced-Representation Genome Sequencing)是一种针对全基因组特定酶切位点附近区域进行高通量测序技术。它不仅实验操作简单,性价比高,更为重要的是它不依赖参考基因组信息,一次测序即可获得数以万计的多态性遗传标记,已广泛用于生态学、遗传进化、传统基因组学等研究领域。

服务详情

实验流程

RAD:限制性酶单酶切+机械打断建库测序,RAD其实就是特异性内切酶两个识别位点之间的一段DNA片段;

GBS(genotyping by sequencing):常见酶单酶切+PCR选择性扩增短片段序列建库测序;

目前最为常用的简化基因组测序技术主要有RAD和GBS以及其衍生的dd-RAD和2b-RAD。

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样品要求

1)样品要求

a. 样品类型:DNA 样品、无降解或轻微降解、无污染。

b. 样品需求量:≥1ug;ddRAD-Seq 样品需求量 0.5ug。

c. 样品浓度:≥25 ng/μl;

d. 建议提交样品数量:遗传图谱构建>100;群体进化>30。

2)注意事项

a. RAD-Seq 对样品定量准确性要求很高,直接影响最终样品间的数据分布。同时多糖、蛋白或高浓度离子也会影响酶切效果,可能导致数据不均。

b. 建议尽可能提供同一批次的基因组 DNA 样品,以免因不同批次提取效果不一而导致酶切效果不均。

c. 务必用 RNase 酶处理基因组 DNA 样品(特别是植物样品),以免影响样品定量的准确性。

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交付结果

基于简化基因组测序可以进行群体进化、全基因组关联分析(GWAS)、遗传图谱及 QTL 定位 等方向的分析,具体的分析方案与报价可讨论后确定。