分离线粒体的同时可以获得去除线粒体的细胞浆蛋白，可用于分析细胞色素C等线粒体蛋白向胞浆的释放，大部分获得的线粒体都含有完整的内膜和外膜，并具有线粒体的生理功能(如检测线粒体膜电位)，获得的蛋白可用于SDS-PAGE、Western、双向电泳等蛋白分析。