统计分析

l方差分析（ANOVA）

l多重检验校正

lFDR预测

lTukey和S-N-K多重检验

基因表达模式分析

l聚类分析（Hierarchical, k-means, SOM，PCS-based）

l基因共表达分析（QT clustering）

l主成份分析 (PCA)

生物学功能分析

lGO分析

lPathway分析

l基因集合富集度分析(GSA, GSEA)

lIngenuity通路分析（IPA）

疾病临床结果预测

lNaive-Bayesian分类法

l最邻近分类法（k-nearest neighbors）

l支持向量机（Support Vector Machines）

l神经网络分类

l决策树分析

其结果可以多种格式提供：

二维、三维散点图、维恩图、火山图(volcano plots)、箱型图(box plots)、2D 树像图 (2D dendrograms)、染色体位置图、基因代谢调控图等。