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植物转录组测序及生物信息学分析

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最新更新日期：2021-02-24 08:00

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北京诺赛基因组研究中心有限公司

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公司：北京诺赛基因组研究中心有限公司

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产品属性

服务名称	植物转录组测序及生物信息学分析

提供商

诺赛基因

产品说明

技术简介：
转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括mRNA和非编码RNA 。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。

生物信息分析：

De novo转录组测序信息分析

1. Unigene长度分布
2. Unigene功能注释
3. Unigene的表达谱
4. Unigene在样本间的表达差异分析
5. Unigene的功能分类注释（COG\KOG）
6. Unigene的通路分析
7. Unigene的GO分类
8. Unigene在样本间的差异GO分类和PATHWAY富集性分析

有参考序列转录组测序信息分析

1. 数据预处理
2. 高质量序列与参考基因组比对
3. 基因表达谱构建
4. 样本间的基因差异表达分析
5. 差异表达基因的功能分析
6. SNP、InDel等基因结构变异筛查
7. 预测基因的可变剪切（仅针对真核生物）
8. 发现新转录本

送样要求：

样品	要求
RNA	去蛋白并进行DNase处理后的完整总RNA
组织	液氮处理，植物≥20ug；动物≥5ug；也可液氮研磨成粉末后加入Trizol（50-100mg加入1ml Trizol）；全血样品需新鲜样品时加入3倍体积Trizol LS，以防止RNA降解。
浓度	≥200ng/ul
纯度	OD_260/280=1.8~2.2；RIN≥7