蛋白质结构是指蛋白质分子的空间结构。作为一类重要的生物大分子，蛋白质主要由碳、氢、氧、氮、硫等化学元素组成。所有蛋白质都是由20种不同的L型α氨基酸连接形成的多聚体，在形成蛋白质后，这些氨基酸又被称为残基。

蛋白质一级结构

1. 蛋白质理化性质分析

   1.1相对分子质成

   1.2氨基酸组成

   1.3消光系数

   1.4总平均亲水性

   1.5脂肪系数

   1.6半衰期

   1.7原子组成等

2. 蛋白质亲疏水性/跨膜区分析

3. 蛋白质卷曲螺旋域分析

蛋白质二级结构和结构域

蛋白质二级机构指它的多肽链中有规则重复的构象，限于主链原子的局部空间排列，不包括与肽链其他区域的相互关系及侧链构象。而结构域是蛋白质序列的功能、结构和进化单元。

蛋白质三级结构

人体内蛋白质种类太多，其中绝大部分是未知的。同源建模就是基于一直的蛋白质结构来预测未知的蛋白质结构。序列相似度越高，则结构相似度也越高。我们还会对模型进行优化。有了蛋白结构的支持，对分析蛋白功能有很大帮助。

另外基于结构来分析变异位点的致病性比一般的看序列保守性更为精确可信，而且可以得出结构方面的致病机制。所以蛋白质三维结构对生物学分析起着至关重要的作用。

蛋白质相互作用网络分析

蛋白质相互作用网络分析对蛋白质组学的研究乃至人类疾病的研究都具有重要的意义。

分析候选基因与已知致病基因的关系，通过网络分析，寻找相互作用的共同调控。