目前多肽合成定制中，多肽标记及多肽修饰的内容非常多，常用的有N 端标记或修饰、N 端荧光素修饰、光敏剂修饰、N 端脂肪酸修饰、C端标记或修饰、磷酸化标记、二硫键成环环化、赖氨酸修饰、高氨基酸修饰、PEG修饰、单标、双标、叠氮修饰、Mal修饰、N-Me修饰、偶联等。广泛应用在多肽合成药物、多肽生物学、多肽抗体以及多肽合成试剂的研究中。目前应用广泛的有：非放射性核素标记（C13，H2，N15），荧光标记（FAM，FITC等），生物素标记，磷酸化修饰等。
1. 多肽非放射性核素标记
目前在多肽非放射性核素标记中，使用广泛的仍然是C13，H2，因为其使用安全，放射性小。现在有比较完全的非放射性标记的氨基酸，可以按照正常的多肽合成方法将标记好的氨基酸直接连接到多肽上。

2. 多肽荧光标记

3. 多肽生物素标记
生物素-亲合素系统 (biotin-avidinsystem，BAS)，是70年代后期应用于免疫学，并得到迅速发展的一种新型生物反应放大系统。由于它具有生物素与亲合素之间高度亲和力及多级放大效应，并与荧光素、酶、同位素等免疫标记技术有机地结合，使各种示踪免疫分析的特异性和灵敏度进一步提高。主要有用于标记多肽氨基的生物素N-羟基丁二酰亚胺酯(BNHS)和生物素对硝基酚酯(pBNP)，其中以BNHS最常用，当然，也可以直接使用生物素也可以标记，因为其结构上有个游离的羧基，采用HBTU/HOBt/DIEA方法缩合，由于生物素的溶解度低，使用DMSO/DMF的混合溶剂增加溶解度。

4. 磷酸肽多肽合成
磷酸肽在生命过程中发挥重要作用，磷酸化的位置在多肽上的Ser，Thr，Tyr。目前磷酸肽合成一般都采用磷酸化氨基酸，目前使用的都是单苄基磷酸化氨基酸。磷酸化氨基酸的连接一般采用HBTU/HOBt/DIEA方法，但是目前采用该方法合成磷酸化多肽也有缺点，特别是在合成多磷酸化多肽或氨基酸较长的多肽的时候，连接效率低，最后产品纯度很低，对于这种磷酸化多肽，我们考虑采用后磷酸化方法，其合成过程就是在多肽合成结束后，选择性脱去要标记的氨基酸的侧链保护基，对于Tyr，Thr可以直接使用侧链不保护的氨基酸进行反应，而Ser可以采用Fmoc-Ser（trt），在1%TFA/DCM条件下可以定量的脱除。后磷酸化，采用双苄基亚磷酰胺，四氮唑生成亚磷酰胺四唑活性中间体，连接到羟基上，随后在过氧酸下氧化生成磷酰基，完成反应。