质谱表达值数据标准化 (Normalization) 与翔基于当前最先进的质谱数据标准化方法开发了分析平台，可以显著改善质谱数据不太稳定的缺点。

差异表达分析 (DEG analysis) 对质谱数据的差异表达分析跟芯片数据的分析原理相同，但由于数据性质有所差异，因此最适用的分析方法也不同。

差异蛋白注释 (GO/pathway annotation) 采用不同数据库对筛选出来的重要蛋白进行注释。

基因集富集分析 (Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) 富集分析是基于统计学检验的case/control高通量分析方法，可用于揭示生物学样本（case相对于control）中被显著激活或显著抑制的功能。与翔自主开发研制了不同的功能分析数据库，可以提供对GO、KEGG、BioCarta、疾病相关基因、肿瘤相关基因、转录因子结合位点等功能的富集分析。