16S宏基因组测序常常采用高通量扩增子测序技术来检测微生物16S rRNA基因的特定高变区，适用于环境微生物、肠道菌群等样品的细菌和古细菌相对丰度的鉴定。16S体系采用混合引物同时扩增细菌和古细菌的V3、V4 两个可变区，可提高当前16S物种多样性的鉴定灵敏度和特异性，能够检测出更多的痕量的细菌和古细菌。
18S测序主要鉴定真菌及其他原生生物，适用于浮游微生物、土壤微生物等环境微生物，以及共生的真核生物菌群等。而ITS测序主要鉴定真菌，如果样品以真菌为主，或者仅关注样品中的真菌菌群，可以选择ITS测序。
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