产品介绍

细菌完成图是指完整的1条细菌基因组序列，没有gap存在。

应用领域

获得细菌基因组后，我们可以开展如下研究（1）功能基因挖掘：耐药性基因、毒力因子、Carbohydrate- ActiveEnzymes等重要功能基因的挖掘，为病原菌的预防控制、工业发酵定向育种、农业微生物功能基因挖掘等各领域应用提供准确全面的数据支持。（2）进化研究：研究种内的亲缘关系和进化关系，了解细菌突变的演化历史过程。

测序平台

使用Illumina HiSeq平台或者PacBio RS单分子实时测序系统。对于简单的细菌，可以完全依靠IlluminaHiSeq平台；对于高GC含量的细菌，我们采用PacBio测序进行组装，无需PCR扩增，测序覆盖深度不受序列中 GC含量差异影响及其无与伦比的长序列读长等优势为合作伙伴提供优质的基因组组装等技术服务。

技术路线

测序策略

PacBio 平台，至少100X

illumina平台，至少100X

参考指标

完成图（无N碱基，无gap）

交付周期

质检合格后2个月完成测序、组装和注释

生物信息学标准分析

一、 原始数据处理

1）数据清洗

2）read校正

二、基因组组装

1）序列拼接

2）补洞

3）覆盖度分析

三、基因组组分分析

1）编码基因

2）重复序列

3）非编码RNA

四、重要功能基因预测

1）通用功能注释(默认KEGG、SwissProt、GO，Nr，COG)

高级分析

一、特殊组分分析

1）前噬菌体

2）基因岛

3）分泌蛋白、跨膜蛋白、荚膜蛋白预测

4）耐药性基因

5）Carbohydrate-ActiveEnzymes分析

6）毒力因子预测

二、比较基因组分析（需要参考序列）

1）共有基因和特有基因

2）物种进化（基于共有基因和特有基因或基因家族构建系统进化树）、近缘关系分析

3）基因家族分析

4）共线性

5）基因组圈图

技术参数

一、样本要求

样本类型：DNA样品

样品需求量：小片段文库≥5 μg；大片段文库≥20μg

样品浓度：≥ 100 ng/μl

样品质量：基因组完整

样品纯度：OD260/280=1.8~2.0。260/230=2.0~2.2，并确保DNA无降解，无污染

二、执行周期

30-50个工作日

三、项目指标

1个contig，0 gap