MeDIP-Seq（Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing ）采用甲基化DNA免疫共沉淀技术，通过5'-甲基胞嘧啶抗体特异性富集基因组上发生甲基化的DNA片段并进行高通量测序。研究者通过MeDIP Sequencing可以快速有效地寻找基因组上的甲基化区域，从而比较不同样本间DNA甲基化修饰模式的差异。此方法可以覆盖整个基因组范围的甲基化区域并且成本较低，特别适用于多样品的全基因组DNA表观遗传研究。

一、数据分析流程

二、数据分析内容

对MeDIP-seq测序数据进行分析，包括数据预处理、基因组比对、比对结果相关统计、对于CpG岛区域、启动子区域及整个基因组的覆盖和深度、甲基化富集peak 查找、单样本peak区域在基因组不同功能区域和CpG岛区域的分布统计、多样本差异甲基化区段（DMR）筛选、差异甲基化区段在CpG岛和CpG岛岸的分布统计、差异甲基化区段在启动子和不同基因功能区的分布统计、相关注释和富集分析（基因、CpG岛、GO和KEGG等）。

1. 测序数据质量控制
包括：总reads数、总base数，Q20比例、Q20位点分布图。

2. 测序数据预处理
包括：去除总体质量偏低的reads，将质量大于20碱基所占比例小于50%的reads去除；去除3’端质量Q低于20的碱基；去除reads中所含有的接头序列；去除长度小于20的测序片段(reads)。

3. 将预处理后的reads比对到参考基因组并统计富集效率
包括：Reads唯一比对率，在CpG岛区域、启动子区域及整个基因组的覆盖及不同深度关系。

4. Peak查找和统计
应用MACS软件对基因组mapping得到的bam文件进行peak 富集区查找，并统计长度和染色体分布。

5. Peak在CpG岛、不同基因功能元件和不同GC含量区域中的分布
Peak CpG岛分布：

Peak不同基因功能元件上的分布：

6. 基于peak的样本间差异分析
将各样本有重叠的peak合并，统计每个样本在合并后的peak中是否富集，统计组间差异的个数并基于RPKM (Reads Per Kilobase per Million mapped reads)计算peak在组间差异是否显著。


7. 样本间差异peak区域测序深度作图

8. 对差异基因进行GO功能富集分析及pathway功能分析

GO功能分析：

KEGG功能分析：

9. MeDIP-seq数据和表达谱数据结合分析
将MeDIP-seq数据和表达谱数据结合分析，对富集peak区域和差异表达基因进行关联。


10. 全基因组甲基化图谱
全基因组水平的甲基化水平分布:

11. 客户定制分析
可根据客户的研究需求，协商定制个性化分析内容。