各种蛋白质分子由于所含的碱性氨基酸和酸性氨基酸的数目不同，因而有各自的等电点。凡碱性氨基酸含量较多的蛋白质称为碱性蛋白质，等电点偏碱性，如组蛋白、精蛋白等。反之，凡酸性氨基酸含量较多的蛋白质，等电点就偏酸性。分离碱性蛋白时候，要利用低pH凝胶系统，分离酸性蛋白时候，要利用高pH凝胶系统。酸性蛋白通常在非变性凝胶电泳中采用的pH是8.8的缓冲系统，蛋白会带负电荷，蛋白会相阳极移动；而碱性蛋白通常电泳是在微酸性环境下进行，蛋白带正电荷，这时候需要将阴极和阳极倒置才可以电泳。碱性蛋白电泳可参考使用碱性蛋白非变性PAGE凝胶制备及电泳试剂盒（货号:
a．
转膜方法 碱性蛋白在非变性状态的转膜建议用湿转法。
b．
三明治结构 由于碱性蛋白pI＞7在酸性转膜缓冲液中带正电荷，转膜三明治结构与传统转膜不同（传统的酸性蛋白转膜是根据“黑胶白膜”制作三明治）。碱性蛋白转膜根据“黑膜白胶”只做三明治，即膜置于转膜夹芯负极，凝胶置于转膜夹芯正极，这样凝胶上带正电荷的碱性蛋白才能转移到膜上。
碱性蛋白转膜三明治制作 负极（电转夹黑色面）-海绵垫-3至5层滤纸-膜-凝胶-3至5层滤纸-海绵垫-正极（电转夹白色面）
c．
膜的选择 膜可以用PVDF膜或NC膜，根据蛋白大小选择膜的孔径。一般说来，大于20kD蛋白选择0.45μm孔径，低于20kD选择0.22μm孔径。PVDF膜使用前要用无水甲醇润湿活化，NC膜只需用转膜缓冲液润湿就可以。
d．
转膜条件 由于在非变性条件下，不同碱性蛋白的空间结构，聚合状态，电荷数量都有不同，以下转膜条件仅供参考，客户针对自己的目的蛋白，最好经过1～2次预实验后，确定最佳的转膜条件。
| 蛋白大小 | 稳流 | 建议时间 | 降温措施 |
| 低于70kD | 180 mA | 2小时 | 需要 |
| 高于70kD | 300 mA | 1.5小时 | 需要 |
