本产品结合了饱和染料EvaGreen和抗体酶的优点,是一款适用于高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)分析的专业试剂盒。本品是一种2×PreMix,PCR反应液配制十分简单方便;具有分辨率高和模板高度适应性等特点。本产品可用于已知SNP分析,未知SNP筛选,以及未知突变基因扫描和甲基化PCR分析等研究。
与SYBR Green不同,EvaGreen在高浓度情况下不会抑制PCR反应;可以使双链PCR产物的结合量达到饱和状态,所以称为“饱和染料”。不会产生SYBR Green的“染料重排”现象,能够很好的区分扩增产物之间单个碱基的差异。
产品特点:1.高分辨率:采用EvaGreen饱和染料,在饱和状态下具很高的熔解曲线分辨率,可以区分单个碱基的变异。
2.高特异性:采用抗体修饰的热启动DNA聚合酶,降低非特异性扩增,提高特异性。
3.高稳定性:精心优化Buffer体系,增加了熔解曲线的稳定性,提高结果可信度。
4.ROX校正:单独包装的ROX染料,使用更灵活,结果更准确。
工作原理:SYBR Green是目前被广泛应用于荧光定量PCR分析的荧光染料,但由于对PCR的抑制较严重,会被控制在较低的使用浓度,SYBR Green与双链DNA的结合处于非饱和状态,所以称为“非饱和染料”。SYBR Green的这种性质会导致在“染料重排”现象的发生,从而影响熔解曲线的分辨率,所以不能够通过熔解曲线区分扩增产物之间单个碱基之间的差异。
EvaGreen是一种同时适用于荧光定量PCR和HRM分析的新一代染料。这种染料通过一种被称为“按要求释放”的全新机制,选择性的结合双链DNA。这一机制保证了较低的PCR抑制作用,同时也允许在染料饱和浓度下进行分辨单碱基差异的HRM分析。
产品组成:| 组分 | 20μL×125次 | 20μL×500次 |
| 2×HRM Analysis PreMix | 1.25mL | 4×1.25mL |
| 50×ROX Reference Dye | 250μL | 1mL |
| RNase-Free ddH2O | 2×1mL | 5×1mL |
保存:-20℃,避光。
注意事项:1.收到本产品后,请立即置于-20℃避光保存。从-20℃取出使用时,将冻存的2×HRM Analysis PreMix和50×ROX Reference Dye溶解,然后轻轻颠倒混匀,待溶液完全均一后再行使用。如解冻后没有使用,须彻底混匀后重新冷冻(在解冻过程中盐会出现分层现象,未混匀进行冷冻,盐晶体的析出将会对酶造成损害)。如需一段时间内经常取用,可在2~8℃条件下储存3个月。避免反复多次冻融。
2.本产品中含有荧光染料EvaGreen,保存本产品或配制PCR反应液时应避免强光照射。
3.如果试剂没有混匀,其反应性能会有所下降。使用时请上下颠倒轻轻混匀,请不要使用振荡器进行混匀,尽量避免出现泡沫,并经瞬时离心后使用。
4.引物纯度对反应特异性影响很大,建议使用PAGE级别以上纯化的引物。
5.20μL反应体系中,基因组DNA模板的使用量一般小于100ng,并尽量保持不同反应之间有相同的模量。模板纯度,OD260/280 1.6~2.0,OD260/230 1.5~2.0。
6.由于HRM具有很高的灵敏性,因此在条件允许的情况下推荐使用50μL反应体系,大的反应体系可以提高反应重复性,减少实验误差对熔解曲线的负面影响。
7.引物设计:较短的PCR产物可以提高HRM的分辨率;因此在设计PCR引物时,遵循普遍的原则外,尽量保持产物长度在80~120之间。SNP位点尽量处在PCR产物序列中间位置。
操作步骤:1.溶解2×HRM Analysis PreMix (如果保存在-20℃),50×ROX Reference Dye,模板,引物和RNase-Free ddH2O,并将所有试剂在室温下平衡并彻底混匀。
2.建议置于冰上进行HRM PCR反应液的配制,反应体系如下:
| 成分 | 50μL体系 | 20μL体系 | 终浓度 |
| 2×HRM Analysis PreMix | 25μL | 10μL | 1× |
| 正向引物(10μM) | 1.5μL | 0.6μL | 0.3μM |
| 反向引物(10μM) | 1.5μL | 0.6μL | 0.3μM |
| 模板 | - | - | - |
| 50×ROX Reference Dye | - | - | - |
| RNase-Free ddH2O | 至50μL | 至25μL | - |
注:
a.常用体系为20μL,在条件允许的情况下可50μL反应体系,大的反应体系可以减少实验误差对熔解曲线的负面影响。
b.引物终浓度为0.3μM可以在大多数体系中获得良好的扩增结果。扩增效率不高时,可增加PCR反应体系中的引物浓度;发生非特异扩增时,可适当减少PCR反应体系中的引物浓度。需要进一步优化引物浓度的,可以在0.2~0.5μM范围内调整。
c.由于HRM反应较灵敏,须尽量保持不同样本之间有相同的模板量。
d.几种常见仪器的最适ROX Reference Dye浓度如下:
| 仪器 | 终浓度 |
| ABI 7900HT | 5×(例如:5μL ROX/50μL体系) |
| ABI 7500 Fast | 1×(例如:1μL ROX/50μL体系); |
| Roche LightCycler 480,Qiagen Roter-Gene | 不用添加。 |
3.盖上反应管,轻柔混匀。可短暂离心,确保所有组分均在管底。
4.将反应体系置于荧光定量PCR仪中,开始反应。
建议采用两步法PCR反应程序进行反应。当出现模板浓度过低引起非特异扩增,引物Tm值较低导致的扩增效率低下或扩增曲线重现性不佳等现象时,建议尝试进行三步法PCR扩增反应。
两步法反应程序:| 阶段 | 循环 | 温度 | 时间 | 内容 | 荧光信号采集 |
| 预变性 | 1× | 95℃ | 2min | 预变性 | 否 |
| PCR反应 | 40× | 95℃ | 10sec | 变性 | 否 |
| 60℃ | 30sec | 退火/延伸 | 是 |
| 熔解曲线分析(Melting/Dissociation Curve Stage) |
三步法反应程序:| 阶段 | 循环 | 温度 | 时间 | 内容 | 荧光信号采集 |
| 预变性 | 1× | 95℃ | 2min | 预变性 | 否 |
| PCR反应 | 40× | 95℃ | 10sec | 变性 | 否 |
| 60℃ | 20sec | 退火 | 否 |
| 72℃ | 30sec | 延伸 | 是 |
| 熔解曲线分析(Melting/Dissociation Curve Stage) |
注:
a.请先使用60℃ 30sec进行扩增,如出现非特异性扩增,可尝试在60~66℃范围内优化,提高反应特异性。
b.HRM在熔解曲线分析时,一般设置为0.02~0.1℃收集一次荧光。