双向凝胶电泳是将不同种类的蛋白质按照等电点和分子量差异进行高分辨率分离的分析方法。成功的二维电泳可以将2000到3000种蛋白质进行分离，是目前唯一的同时能分离成百上千种蛋白质的工具。通过对蛋白质双向电泳的图谱扫描，用相关软件（PDQUEST等）进行图谱差异分析，找到差别点。然后把差别点切出，进行脱色、酶解。最后样品进入质谱测试，得到质谱原始数据文件。通过搜库可得到差别点蛋白质的详细信息。
原理： 1、根据蛋白质的等电点（第一向）和分子量（第二向）的不同进行分离。 2、电泳后根据蛋白质的上样量对胶进行考马斯亮兰染色、银染或荧光染色，然后用相关软件对电泳图象进行分析。
样品要求： 1、建议使用的蛋白质溶解体系为8M 尿素/4%CHAPS /40mMTris（Base）/65mM DTT； 2、样品浓度大于2 ug/ ul；由于蛋白质组学涉及的样品范围很广，对于具体样品的要求请和项目经理联系。
仪器：
第一向IEF：Ettan IPGphor Isoelectric Focusing System （GE Amersham）
第二向SDS-PAGE：Hofer SE 600（GE Amersham）
扫描仪：UMax Powerlook 2110XL（GE Amersham）
分析软件：Image master 2D Elite®
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