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除了Bt毒蛋白之外,人们也在探索其它的抗虫基因,比较成功的是利用植物的蛋白酶抑制物。因蛋白酶抑制物能抑制昆虫消化系统中的蛋白酶,从而抑制蛋白质的降解,导致昆虫消化不良而影响其生长发育,甚至亡。Hinder等将编码豇豆胰蛋白酶抑制物(CpTI)的基因转移到烟草后,明显增强了转基因烟草对烟草夜蛾(Heliothis virescens)幼虫的抗性。利用麦胚凝集素基因(WGA)、雪花莲(Galanthus nivalis)外源凝集素(GNA)基因、α-淀粉酶抑制物(a-AI)基因导入不同的作物中,也表现出明显增加抗虫性。特别是GNA,由于其对蚜虫和稻飞虱等害虫的毒性,不少实验室正在对其抗虫基因工程进行深入研究。此外,一些昆虫毒素(蝎子神经毒素、蜘蛛杀虫肽等)基因也已被用于抗虫基因工程,如将蜘蛛杀虫肽基因导人烟草,转基因烟草表现出对棉铃虫有较强的抗性。