原核蛋白表达纯化是很容易形成包涵体的，在现阶段可以采用俩种手段，一是预防，二是复性。
先说“预防”，预防就是指在蛋白过表达形成包涵体前，对表达环境进行优化的一些手段，来降低重组蛋白合成的速率。例如：密码子优化，表达温度的选择，与分子伴侣或折叠酶共表达等等；而蛋白质的复性则是指：在变性条件不剧烈，变性蛋白质内部结构变化不大时，除去变性因素，在适当条件下变性蛋白质可恢复其天然构象和生物活性的方法。
这俩种方法说起来都比较麻烦，涉及的知识点和概念比较多，建议先看一些资料比较好。
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