丙酮酸羧化酶催化丙酮酸转变为草酰乙酸。

当乙酰-CoA的生成速度大于它进入三羧酸循环的速度时，乙酰-CoA就会积累。积累的乙酰-CoA可以激活丙酮酸羧化酶，使丙酮酸直接转化为草酰乙酸。新合成的草酰乙酸可以进入三羧酸循环，也可以进入糖异生途径。当细胞内能荷较高时草酰乙酸主要进入糖异生途径，这样不断消耗丙酮酸，控制了乙酰-CoA的来源。当细胞能荷较低时，草酰乙酸进入三羧酸循环，草酰乙酸增多加快了乙酰-CoA进入三羧酸循环的速度。所以不管草酰乙酸的去向如何，最终效应都是使体内的乙酰-CoA趋于平衡。